【干货】如何寻找基因信息？用 Pubmed 来寻找基因信息

说起 Pubmed 我们大家都不陌生，当然，找文献可都靠它呢。不过，这个美国国立医学图书馆的搜索引擎可不止能干这个。它只是NCBI Entrez整个数据库查询系统中的一个。PubMed 界面提供与综合分子生物学数据库的链接，其他的内容还包括：DNA 与蛋白质序列，基因图数据，3D 蛋白构象，人类孟德尔遗传在线等。这次我们要讲的就是怎么用里面的 NCBI 来查找所需要的基因信息。

如何寻找基因信息 

首先，打开 NCBI 网页ncbi.nlm.nih.gov/pubmed/，选择[gene]，输入您要的基因名称（可简写），如 CCR9，搜索。

然后，选择种属，如 homosapiens，点击进入所需基因，下拉网页，在"NCBI Reference sequence  (Refseq)"下方

NG_029472.1就是该基因的 genomic DNA 序列号，NM_001256369.1 就是异构体B的 mRNA 序列号，而 NP_001243298.1 就是NM_001256369.1相应的氨基酸序列号。同理， NM_031200.2 → NP_112477.1 分别是异构体A的mRNA和氨基酸序列号。Genomic context 中 Location= 3p21.3 是指此基因位于 3 号染色体短臂（p）2 带 1 区 3 亚区。

点击进入相应页面就会出现详细的外显子、编码序列等信息。

想要知道详细信息的话，可以点击 GenBank

如果你只想获得序列（例如去设计 PCR 引物的时候），那就可以选择 FASTA，这样就得到了 FASTA 格式的序列文件，没有其他数字和格式的干扰。

如何选择目前*的 mRNA 序号 

在这推荐一个网站：harrier.nagahama-i-bio.ac.jp/mutation/

输入您查找的基因，如 CCR9，"Go"提交，便会出现 CCR9 的相应界面，点进去就能显示公 认的序列号和 DNA 序列。 

这样参照的序列号对了，设计引物、基因突变的命名及表述才是对的，发文章时才不会错。 （基因突变命名也是一个系统，可以到 NCBI 上下载相关文献）。另外，这一网站 DNA 序列 中也提供了目前文献报道的已知的突变位点和 SNP 位点。非常好用。