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    分子克隆实验的流程及注意事项--二、TOPO克隆

    发布时间: 2025-03-18  点击次数: 224次

    二、TOPO克隆

    引物设计与PCR扩增
    1. 目的片段 PCR 扩增引物合成时,要求引物 5’端不可磷酸化修饰;

    2. 建议使用高保真酶进行目的片段的 PCR 扩增,并摸索退火温度,优化反应体系和程序。


    PCR产物的纯化回收
    1.PCR 反应后,产物应当进行琼脂糖凝胶电泳鉴定,判断是否存在目的大小的条带;

    2.推荐使用切胶回收的方式纯化 ( 切胶时间最好控制在 3min 内,避免紫外照射对 DNA 的损伤 ),回收浓度使用 NanoDrop/OneDrop 等仪器检测,浓度应当≥ 30ng/μl,并跑胶鉴定是否仅存在目的条带;

    3.回收浓度低时,可通过增加 PCR 反应体系,采取多管反应单管回收的方式,提高回收产物的浓度。


    目的片段连接至载体

    1.连接反应体系按照说明书要求投入,各组分投入体积≥ 1μl,若浓度过高可稀释后使用;

    2.连接反应温度可尝试 25°C或 37°C,时间 5min,若不长克隆或克隆空载体 / 假阳性,时间可尝试延长至 30min;

    3.连接反应建议在 PCR 仪中进行。


    感受态转化涂板

    1.连接产物转化的感受态细胞选择使用 DH5α、Fast-T1 等克隆用化学感受态细胞;

    2.感受态细胞不可反复冻融使用,-80°C取出后建议一次用完;

    3.重组产物体积与感受态细胞体积的比例为 1:10,推荐 10μl 重组产物加入至 100μl 感受态细胞或 5μl 重组产物加入至 50μl 感受态细胞;

    4.热激时间:按照感受态细胞说明书操作进行;

    5.平板抗生素抗性:平板使用抗性与转化的载体抗性需保持一致;

    6.菌液涂板体积:将菌液离心(2500×g,3min),移液枪吸取丢弃多余 LB 培养基,保留100μl 重悬后全部涂板;或吸取合适体积涂板。


    单克隆菌落PCR鉴定

    1.挑取平板中体积大小适中的单克隆菌落,避免选择过大或过小的单克隆菌落;

    2.挑取数个单克隆菌落进行鉴定分析;

    3.挑取的菌落放入已添加 10μl ddH2O 的 1.5ml 或 2ml EP 管中溶解混匀后,吸取 1-2μl 作为PCR 反应(10/20μl 体系)模板;

    4.推荐使用一对分别位于片段和载体的上下游引物进行 PCR 鉴定。



    常见问题分析:

    不长克隆

    1. 片段类型错误:只兼容 PCR 扩增产物,且引物 5’端不可磷酸化修饰;
    2. 片段投入不符合要求:片段应当切胶回收,且回收浓度不低于 30ng/μl;浓度过高时需稀释使用,保证体系各组分投入体积不小于 1μl;片段投入量应按照说明书公式计算;
    3. 连接反应不适当:反应应在 PCR 仪中进行,温度可设置 25 或 37°C,连接时间可从 5min延长至 30min。


    空载体 / 假阳性
    1. PCR 扩增产物不单一:优化 PCR 体系,提高特异性;对目的片段切胶回收;鉴定更多单克隆;
    2. 片段投入不符合要求:片段应当切胶回收,且回收浓度不低于 30ng/μl;浓度过高时需稀释使用,保证体系投入体积不小于 1μl;片段投入量应按照说明书公式计算;
    3. 连接反应不适当:反应应在 PCR 仪中进行,温度可设置 25 或 37°C,连接时间可从 5min延长至 30min;
    4. 菌液 PCR 用酶不适合:PCR 酶活应当不受杂质影响,引物不应选择插入片段 PCR 用引物进行检测。


    测序突变
    1. 测序克隆数过少:测序单克隆数只有 1 个时,测序信息部分可信,建议多测几个单克隆,检查突变处的测序信号是否有问题,突变是否从模板引入;
    2. 突变位置:若碱基突变位于引物处,建议重新合成引物再次实验;位于其他部位的突变,应当使用高保真酶重新制备模板再次实验。


    测序片段不正确
    1. PCR 扩增产物不单一:优化 PCR 体系,提高特异性;对目的片段切胶回收;鉴定更多单克隆;

    2. 模板存在 Amp/kana 抗性的质粒:对目的片段进行切胶回收。


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